Pridobit si morate tudi člane posadke, če je bil kateri od teh ubit. Posadki pa se iz misije v misijo izboljšujejo njihove sposobnosti, tako da vaša ladja neprestano deluje na visokem nivoju.

Klikni na sliko za večjo različico

Z bratom Jurethom patruljirate v romulanski - klingonski Nevtralni coni, kjer vas Romulanerji obtožujejo, da uporabljate planet za špijoniranje zato vas napadejo. Sledijo kampanje, kjer imate opravka z pirati:  uničit morate pirate, pod oblast morate dobiti postojanko Krolom 792, poiskati morate ladjo IKV Firebrand, katero so ugrabili pirati. Nato sledi kampanja, kjer  morate zaščititi  federacijske tovorne ladje, katere so na poti do baze Unity One. Tukaj vas napade rasa imenovana Rakelli; Klingoni že dolgo časa niso imeli opravka z njimi. Po tem incidentu se srečate z svojim očetom ambasadorjem Markethom, kjer vam da ukaz uničiti bazo Rakellijev in ladjedelnice v sistemu Khalna' ch. V naslednjih misijah pa se z vašim bratom začnejo dogajati čudne reči, večkrat vas tudi napadejo klingonske ladje. Od zdaj naprej vam daje ukaze vaš oče, ambasador Marketh. Dobite tudi zaveznika kapitana Golarja, kateri vam pomaga pri napadu klingonskih ladij. Vaš brat namerava uničiti bazo Unity One, saj noče takšno zavezništvo med Federacijo in Klingonskim imperijem. Tako dobite ukaz preprečiti uničenje Unity One. V zadnji klingonski misiji pa morate ubiti vašega brata Juretha. Nato sledi igranje romulanskih misij.

Klikni na sliko za večjo različico

V teh misijah vam daje ukaze admiralka Arai in kot za prvo nalogo morate skenirati planete in asteroide, kjer najdete Klingonsko bazo in katero morate v naslednji nalogi tudi uničiti. Potem morate varno pripeljati ladjo z zdravilom Vaccine proti virusu Tylokayd -6 na rudarsko bazo Kesmit, varno morate pripeljati pošiljko dilicijevih kristalov do ladjedelnice BE' Qai, zakrinkani morate skenirati bazo Unity One, postanete agent Tal Shiarja, zakrinkani morate prčkat prostor Federacije, kjer vas ne smejo odkriti ladje, iz federacijske baze morate neopazno prežarčit agenta, rešit klingonsko ladjo pred črno luknjo RS - 9012,  spet skenirati asteroide in planete, ujeti ali uničite upornike in ubiti upornika Varusa. Nato dobite modul tehnologije federacijske hololadje  Incursion (znano iz igre Star Trek Away team), kjer ste lahko zakrinkani kot katarakoli ladja in dobite ukaz da uničite federacijski konvoj zakrinkani kot klingonska ladja, uničiti klingonsko bazo kot federacijska ladja in obratno. Potem sledi finalni ukaz v romulanski kampanji, uničiti bazo Unity One in zaščiti tovorne ladje ki nosijo eksploziv, kateri povzoči singularnost in na tem mestu nikoli več ne bo mogoče izgradnja baze.  

Klikni na sliko za večjo različico

V federacijski kampanji vam daje ukaze kapitan Picard, tukaj se kot prvo dobite z ladjo USS Mercutio, sledi iskanje ladje USS Fuller, varno morate pripeljati pooblaščenca Aerefa Tulbarina do vesoljskega terminala Kenama, počakati morate dokler pridejo romulanerji (zakrinkani so kot klingonske ladje), kateri bodo napadli konvoj in nato uničiti romulanerje.